V průběhu ověřování byly zjištěny následující systémové nedostatky[1]:

Z celkového počtu 968 projektů, kdy příjemcem byla společnost s ručením omezeným, akciová společnost nebo vybraná nezisková organizace, byl u 230 projektů konečným vlastníkem částečně nebo úplně Územní samosprávný celek nebo stát.

Z celkového počtu 464 projektů, u kterých byl příjemce podnikatelský subjekt, bylo identifikováno celkem 123 projektů za 3.397.772.836 Kč s anonymním vlastníkem, kterého nebylo v praxi možné dohledat. Jde o společnosti, které měli vlastnickou strukturu anonymizovanou prostřednictvím listinných akcí na majitele, kde bylo skutečného vlastníka možné měnit z hodiny na hodinu, nebo listinných akcií na jméno bez jakékoliv informace o možném vlastníkovi. Tato skupina příjemců je tedy nejvíce riziková a stát v těchto případech nemá žádnou kontrolu, zdali se takový příjemce nepodílí na financování korupční nebo kriminální činnosti.

Necelých 9 procent příjemců, celkově 41 s objemem dotací 837.496.920 Kč, kteří byli financováni, měli vlastnickou strukturu uveřejněnou, nicméně z důvodu nastavení národní legislativy se bylo možné spolehnout na pravdivost skutečností uvedených v rejstříku pouze částečně. Šlo zejména o případy listinných akcií na jméno, kdy byli vlastníci dohledatelní pouze ve výročních dokumentech, jako je účetní závěrka nebo notářský zápis z konání společenské schůze nebo valné hromady, který je publikován pouze jednou ročně ex-post. Proto se na něj není možné spolehnout v průběhu kalendářního roku. I tato skupina vlastnických struktur je ve svém konečném důsledku netransparentní, protože je reálná ověřitelnost konečného vlastníka z veřejného rejstříku možná staticky pouze k určitému dnu. Jde konkrétně o datum ověření vydané účetní závěrky nebo datum konání valné hromady, nebo jiného jednání, jehož zápis je ověřený notářem.  Proto i přes zrušení listinných akcií na majitele a ponechání listinných akcií na jméno je většina akciových společností v konečném důsledku v České republice s nejasnou vlastnickou strukturou. Nelze u nich proto konečného vlastníka ověřit.

Z výsledků analýzy vyplynulo, že jedinou v současné době transparentní skupinou příjemců, je společnost s ručením omezeným, jejíž konečný vlastník je fyzická osoba. Jako transparentní jsme identifikovali celkem 284 projektů s finanční alokací 4.415.193.214 Kč.

Celkově 16 projektů za 348.223.127Kč bylo poskytnuto příjemcům, jejichž vlastnická struktura končí v zahraničí. V rámci analýzy nebyli koneční vlastníci ze zahraničí dále prověřování. Mimo tyto zahraničně vlastněné vlastnické struktury se dále objevoval zahraniční vlastník i ve skupině anonymní vlastník a nejistý vlastník. V těchto případech vzhledem k anonymní vlastnické struktuře českých společností byli výše uvedení zahrnuti do dvou výše uvedených skupin

V průběhu analýzy jsme rovněž zjistili nedostatky v ověřovaných auditorských zprávách, kdy odpovědní auditoři pominuli ověření skutečných vlastníků. Stejně tak se v mnoha případech opakovaly nedostatky při vedení notářského zápisu z valných hromad, kdy v samotném zápisu nebyli uvedení přítomní vlastníci společností. Dále jsme při ověřování zjistili nedostatky ve zveřejňování dokumentů ve veřejně přístupném rejstříku na portálu www.justice.cz. Celkově u 36 % ověřovaných projektů nebyla dokumentace v pořádku. V těchto případech může být nedostatečné zveřejnění způsobeno také tím, že dokumenty nebyly ze strany jednotlivých společností zaslány do veřejného rejstříku.

Pokud jde o vlastnické struktury a skutečné vlastníky, úředníci veřejné správy odpovědní za přidělování prostředků z fondů EU nezjistí více než, co je veřejně přístupné. Existující povinnosti příjemců dotací, sdělit veřejné správě vlastníka či vlastníky v první úrovni nad 10 %, v drtivé většině případů neodhalí úředníkům více informací, než co lze najít ve veřejném rejstříku. V takovém velmi malém procentu případů, kdy mohou získat některé údaje navíc oproti údajům veřejně přístupným, si zase nemohou ověřit, zda jsou sdělené údaje pravdivé.

Pokud se některý příjemce, jenž je akciovou společností, snaží zakrýt údaje o vlastnické struktuře či skutečných vlastnících, dělá to zpravidla velmi poctivě. Nevkládá do sbírky listin obchodního rejstříku účetní závěrky vůbec či za příslušné roky, ve kterých chce údaje zakrýt. Zveřejňuje neúplné závěrky bez údajů o vlastníkovi s podílem nad 20 %. Zároveň většinou dbá na to, aby zveřejňované zápisy z valných hromad byly do rejstříku vkládány neúplně, bez přílohy obsahující seznam přítomných akcionářů (vlastníků) na valné hromadě. V jiných případech dbá, aby byly údaje v notářském zápisu o konání valné hromady zamlčeny, resp. nezmíněny.

Vzhledem k tomu, že existující systémy verifikace vlastnických struktur, skutečných vlastníků, střetu zájmů či osobních vazeb užívaných úředníky dotačních úřadů jsou založeny výlučně na sběru dat z obchodních rejstříků, chybí v těchto systémech údaje právě o těch společností, které představují z důvodu anonymity vlastnické struktury největší riziko.

Analýza právního stavu byla činěna k datu 10. září 2016. Závěry předpokládají aktuálnost údajů ve veřejném rejstříku a správnost údajů o jednotlivých projektech uveřejněných Ministerstvem pro místní rozvoj. Výsledky analýzy nejsou vzhledem k odlišnosti právní úpravy vlastnictví právnických osob a zveřejňování informací o těchto osobách přenositelné na jiné země.

Analyzované projekty dle vlastnické struktury příjemců